ayuda urgente!!!!!!!!!!

Hola soy nuevo en esto y me estoy enfrentando a un problema desconocido para mi, el problema es el siguiente:

En una empresa que abandono Windows 2000 y XP por pasarse a Linux se encontró que ellos trabajan con una aplicación cliente en Windows que esta siendo emulada en cada equipo Linux lo que hace que la aplicación corra un 20% mas lenta que lo normal y se generen errores inesperados, los datos de la aplicación se encuentran almacenados en una base de datos PostgreSQL.

¿Cuál seria la solución mas adecuada para resolver estos problemas?

Les agradesco me ayuden con este asunto que me tiene un poco nervioso.