Lo primero que tienes que preguntarte es: ¿Tiene linux registro?

Tal y como lo conoces en windows, no. De todas formas los datos del sistema (aplicaciones al inicio, configuraciones y demás) se editan con Gedit (editor de textos en Gnome) o con Kate (el de KDE). Si usas la consola entoces puedes usar nano u otro similar, pero no te recomiendo tocar estos archivos a no ser que sepas lo que haces.