Necesito editar desde un programa java algunos archivos de configuracion tipicos que se utilizan en linux osea de formato:

#comenatrio
clave=valor

He visto que se puede hacer con la clase Properties un load, modificar y despues u n store, pero al hacer el store me quita todos los comentarios que existian ademas de desordenarme todas las claves.

Alguien sabe alguna otra forma de hacerlo o como hacer que la clase properties no me quite comentarios y desordene?

Graciass